最後の将軍・慶喜の時代 孝明天皇は病死したのか、あるいは毒殺されたのか
孝明天皇の死に関しては、古くから毒殺説があり、英外交官のアーネスト・サトウの著書にもそのような噂があると書いている。天皇の主治医の手記を読むと、天皇の疱瘡は順調に回復しているとの診断後、容体が急変しており、誰かが砒素を盛ったことを疑う理由がある。具体的には岩倉具視や大久保利通が関与したことを疑われているが、いずれも親幕派の天皇の排除を望む理由があった。
孝明天皇
最後の将軍・慶喜の時代 
公武合体と尊皇攘夷 皇女和宮を将軍徳川家茂に降嫁させたことが幕府の権威失墜を招いた
老中・安藤信正は井伊直弼の剛直な武断政治を改め、さらに公武合体の成果を国内に示すために和宮を将軍・徳川家茂へ降嫁させようとした。この話は孝明天皇に一旦却下されたが幕府は諦めず、和宮周辺の説得工作を続けて再度を奏請している。岩倉具視らは、朝威を回復する好機とであると上奏し、天皇は攘夷を行うことを条件とすると幕府はそれを承諾し、天皇は和宮の降嫁を勅許した。
安政の大獄から桜田門外の変 無勅許で安政五カ国条約を締結したことと安政の大獄
安政の五カ国条約を無勅許で締結した幕府だが、実際に港の近くに外国人が居住するようになると攘夷熱が高まってきた。将軍継嗣問題で敗れた一橋派は、条約勅許問題で朝廷を巻き込み、井伊大老に圧力をかけようとした。「戊午の密勅」のあと井伊はその禍源が水戸藩にあるとにらみ、尊攘派や一橋派の大名・公卿・志士などを捕縛し厳しく処罰した。
開国前後 『日米通商修好条約』が無勅許で調印された経緯
ハリスの演説後老中堀田正睦は外国掛の井上清直、岩瀬忠震に通商条約交渉を開始させ、条文が完成すると、調印の前に勅許を得ようとしたのだが、孝明天皇に却下されてしまった。その後彦根城主の井伊直弼が大老職に就き、下田にいたハリスにアロー戦争で英国が清国に大勝し、その勢いで日本に向かうとの情報が齎される。岩瀬忠震らは井伊大老に無勅許での調印を迫り、井伊はやむを得なければ調印も可と返答した。