731部隊についてはあまり調べたことがないですが、戦前の日本側の資料はほとんど出てこないですね。森村誠一氏は何を根拠に書いたかはよく知りませんが、中国側の資料を鵜呑みにして書いたのであれば信用できませんね。
ネットで調べると中国側の被害者と称する人々が「731部隊細菌戦国家賠償請求訴訟」を起こしていますが、2007年に原告側が敗訴しています。とはいえ、地裁の裁判官は731部隊等の旧帝国陸軍防疫給水部が、生物兵器に関する開発のための研究及び同兵器の製造を行い、中国各地で細菌兵器の実戦使用（細菌戦）を実行した事実を認定したことがWikipediaに出ています。あまり好きなサイトではないですが、裁判の判決文などが次のサイトにまとめられています。
http://www.anti731saikinsen.net/index.html